Docking Molekular dari Trigonella foenum-graceum sebagai Antidiabetes menggunakan Molegro Virtual Docking
Article Sidebar
-
antidiabetes, docking, fenugreek, in-silico, molegro
Abstract
Trigonella foenum-graceum atau fenugreek digunakan secara luas sebagai obat tradisional untuk pengobatan diabetes tetapi mekanisme kerjanya masih belum jelas. Penelitian bertujuan memprediksi senyawa dalam fenugreek yang berkhasiat sebagai antidiabetes secara in-silico dengan menggunakan perangkat lunak Molegro Virtual Docking . Docking dilakukan 10 Senyawa uji dalam fenugreek yaitu 4-hidroxyisoleucine, coumarine, diosgenin, galactomannan, isovitexin, quarcetin, tigogenin, trigoneline, vitexin dan yamogenin dengan 3 reseptor yaitu sugar beet alpha-glucosidase- (PDB ID : 3W37), human dipeptidyl peptidase-4 (PDB ID : 1X70), human peroxisome proliferator activated gamma (PDB: 2PRG) serta senyawa pembanding acarbose, sitagliptin dan rosiglitazone. Dari 10 senyawa uji, galactomanann memiliki nilai Rerank Score/RS paling rendah di dua reseptor yaitu alpha glucosidase dan peroxisome proliferator activated gamma dengan nilai berturut turut -116.56 kcal/mol dan -131.18 kcal/mol dan nilai RS acarbose -113.60 kcal/mol dan rosiglitazone -124.54 kcal/mol . Dari 10 senyawa uji, tigogenin memiliki nilai RS paling rendah direseptor dipeptidyl peptidase-4 dengan nilai RS -86.54 kcal/mol dan nilai RS sitagliptin -87.02 kcal/mol. Berdasarkan nilai RS, galactomannan diprediksi memiliki aktivitas antidiabetes yang bekerja pada reseptor alpha-glucosidase dan peroxisome proliferator activated gamma sedangkan tigogenin diprediksi memiliki aktivitas antidiabetes yang bekerja pada reseptor dipeptidyl peptidase-4.
Full text article
References
Das S, Dhananjaya BL, Desiraju S. 2018. Trigonella foenum-graceum (fenugreek) for Managemen of Diabetes. International Journal of Biochemistry Research & Review. 14(3)1-10.
Funkhouser T. 2007. Lecture : Protein-Ligand Docking Methods. Princeton University.
Huang SY, Zou X. 2010. Advances and Challenges in Protein-Ligand Docking. International Journal of Molecular Sciences. 11: 3016-3034.
International Diabetes Federation. 2017. IDF Diabetes Atlas, 8th edition.
Kapetanovic. 2008. Computer-Aided Drug Discovery and Development (CADDD) : in silico-chemico biological approach. Chemico-Biological Interactions. 171(2): 165-176
Leach RA. 2001. Molecular Modelling Principle and Application. Ed ke-2. Chichester (UK): Pearson Education Limited.
Lucientes, Gil MT. 2004. Protein Docking and Interactions Modeling.
Molegro Virtual Docker. www.molegro.com,Accesed September 25th 2010.
Neelakantan N, Narayanan M, J de Souza R, M van Dam R 2014. Effect of fenugreek (Trigonella foenum-graecum L.) intake on glycemia: a meta-analysis of clinical trials. Nutrition Journal. 13(7) :1-11.
Perkeni 2015. Konsensus Pengelolaan dan Pencegahan Diabetes Melitus Tipe 2 di Indonesia. Jakarta (ID): Pengurus Besar Perkumpulan Besar Endrokinologi Indonesia.
Trott O, Olson AJ. 2010. AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading. Journal of Computational Chemistry. 31(2): 455-461.
Authors
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License. Copyright @2017. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/) which permits unrestricted non-commercial used, distribution and reproduction in any medium